Поставить кулер на выдув, при этом позаботится о сказанном ранее alex.hustle, т. е. воздух должен забиратся из конкрентного места. Обычно это решетка под передней панелью, тогда поток воздуха проходя мимо HDD будет его охлаждать. Остальные ненужные щели мешающие правильной циркуляции можно заделать, например скотчем. Обычно в Системном блоке создается отрицательное давление так, так выдувает блок питания и задний вентилятор, а нагнетает только один вентилятор передней панели и иногда труба крышки корпуса подводящая воздух непосредственно к процессору и решетка в близи PCI устройств и видиокарты, которую я считаю можно частично или полностью прикрыть.
Естественно, все вышесказанное для некоторых типов корпусов может не подходить.